轩辕剑1：
故事背景为：人神魔共存的时代，本来庇护人类的善神和恶神联手夹击人类，人类由一位持有轩辕剑的侠士领导了一支抗魔军，最后轩辕剑侠和善恶神同归于尽。从此，人类活在妖魔的阴影之中。十六年后，主角燕赤霞——也就是轩辕剑侠之子，经过一番历练之后，开始调查善恶神夹击人类的原因。 这是一个半成品，不仅剧情没有做完，甚至演员们都没有名字，因为当时正在热播**倩女幽魂， 主角三人分别以《倩女幽魂》中的人物燕赤霞、宁采臣和聂小倩命名，燕赤霞的师父就是师父，没有名字，当然对于燕赤霞来说，师父就是唯一的师父，不需要有名字。游戏开始于，燕赤霞奉命拜访师父的好友——县太爷，同样没有名字，好友之间就“县太爷”、“他师父”这样来回称呼，还真是“相敬如宾”。 由于开发过程中一些开发人员需要去服兵役，做到一部份就停下来了。因此故事较短，被认为只是款试验作品
轩辕剑2：
内容延续一代，并形成一个完整的故事。主角何然其实就是一代的燕赤霞，在壶中仙的帮助下斩妖除魔，却逐渐发现身陷于陷阱。这款作品奠定了轩辕剑系列的基础，此后的历代游戏架构大致与此作接近。 故事是接续一代的，不过角色总算是有了自己的名字。主角改成了何然，两个同伴从宁采臣和小倩改成了杨坤硕和江如红。不久还有一位古月圣加入。何然一行人乘船过江，到处去消灭妖魔。在船上他们的个性也开始体现出来，像是江如红的率真活泼。在整个旅程中发生了很多有趣的事情。到达大禹地下水道、建木等地，甚至到了广寒宫的外围。碰到很多神话传说中的怪物，像是巴蛇、蛟龟等。重要的是，他们碰到了壶中仙，得到了炼妖壶。最后还得到了轩辕剑。开始的时候为了连贯，还是说成要找妖魔的首领“恶神”算账。但十多年前的故事已经不是说善恶神联手消灭人类抗魔军，而是说轩辕剑侠跟善恶两神同归于尽，人类开始到处铲除妖魔。于是原本守护炼妖壶的巴蛇出来带领妖魔反击。“恶神”被勉强地说成就是巴蛇。
PS：这里的何然和古月圣就是天之痕里客串的然翁和古月仙人
剧情简介：
当时正值隋朝年间。北朝隋文帝，在消灭了南朝陈国后，结束了中国长期之分裂南北朝时期。陈国遗民不甘国家就此灭亡，于公元六零一年，集结了大队兵马，起兵造反，意图复国。隋文帝随即下令平定叛乱，然而让陈国反抗军惊异不已的是：隋朝的平乱部队是由不到二十人组成的，为首的竟然是一位年仅十岁的少年！这位身披斗篷的神秘少年，以一招神秘的“黄金之剑”，顷刻之间就将数万陈国反抗军马消灭殆尽。神秘少年以天下无敌之黄金剑（轩辕剑）立下威名，自此令所有人闻之色变，再也没人敢起兵反叛朝廷。十六年后，隋炀帝杨广时代──男主角陈靖仇（蒋劲夫饰演）奉师父之命，踏上寻找传说中五样上古神器旅途。陈靖仇是陈国后裔，在襁褓时代隋朝四处搜捕陈国遗族时，他的师父陈辅牺牲了自己的孙儿，冒险将陈靖仇（蒋劲夫饰演）替代救出。陈辅将自己复国的愿望，全落在幼小的陈靖仇身上（陈靖仇之名，即是“靖北虏，复国仇”的意思）。陈靖仇（蒋劲夫饰演）是陈国最后一位皇子，背负着复国之命的他，十八年来没干过一件像样的事。一直在靖仇身边苦心教导他的陈国遗臣陈辅，听闻若要复国成功，最快的方法就是集合上古五大神器。陈靖仇（蒋劲夫饰演）在陈辅的督促下，身不由己的开始了寻找神器的旅程。但复国之路刚开始就遭遇波折，他遇到了最强的对手——北周后裔宇文拓（胡歌 饰演），同样一位身负国仇家恨的皇子，两人都有着复国的使命，手段与性格却截然不同。在亦友亦敌的关系当中，他们又遇到了玉儿（刘诗诗 饰演）、小雪（古力娜扎 饰演）、宁珂（唐嫣 饰演）这三个各具特色的女孩，牵扯出复杂的感情。最终，维护天下和平的信念战胜了私欲，宇文拓、陈靖仇（蒋劲夫饰演）两人牺牲小爱成全大爱，联手将天之痕封印，拯救了神州大地。
事发生在《轩辕剑叁》的一百五十年前的中国。当时正值隋朝年间。北朝隋文帝，在消灭了南朝陈国后，结束了中国长期之分裂南北朝时期。陈国遗民不甘国家就此灭亡，于公元六○一年，集结了大队兵马，起兵造反，意图复国。隋文帝随即下令平定叛乱，然而让陈国反抗军惊异不已的是：隋朝的平乱部队是由不到二十人组成的，为首的竟然是一位年仅十岁的少年！这位身披斗篷的神秘少年，以一招神秘的「黄金之剑」，顷刻之间就将数万陈国反抗军马消灭殆尽。神秘少年以天下无敌之黄金剑（轩辕剑）立下威名，自此令所有人闻之色变，再也没人敢起兵反叛朝廷。
六年后，隋炀帝杨广时代——男主角陈靖仇奉师父之命，踏上寻找传说中五样上古神器旅途。陈靖仇是陈国后裔，在襁褓时代隋朝四处搜捕陈国遗族时，他的师父陈辅牺牲了自己的孙儿，冒险将陈靖仇替代救出。陈辅将自己复国的愿望，全落在幼小的陈靖仇身上（陈靖仇之名，即是「靖北虏，复国仇」的意思）。由于十六年前历经那场惊心动魄的战争，师父深知自己绝对无法胜过手持轩辕剑的神秘少年，所以决心改换方式，开始四处寻找传说中能让人获得天下之的五样上古神器——伏羲琴、神农鼎、崆峒印、昆仑镜、女娲石，打算收齐它们，以它们的力量来复兴故国。《天之痕》故事，就随着这场艰辛的复国之旅，逐渐展开。
首先，轩辕剑是讲述一个关于上古神器的故事，一和二的剧情也没啥好说的，除了二和三外传有点搭边，一根本就是讲述的其它的故事。三的故事就有点有意思了，关于一个西方混血儿追求真理的故事，他叫赛特，前世是一名天使，与撒旦是很好的朋友。后因撒旦堕落，也帮助撒旦做过许多恶事，死后投胎于凡人，也就是现任于法兰西王国骑士赛特，在威尼斯屠杀异教徒（指一些当时从阿拉伯等地远道而来的东土商人）的背景下，展开了故事。途中遇到撒旦的手下妮可（因为被伏羲琴净化，所以变得和小孩子一样纯洁，她的原型就是轩辕剑三外传中的那个BOSS孤独宁珂郡主，当时被西方大魔王撒旦所派来的女魔将），还遇到了因为玛卡（一个爱夫心切的女子，夫君在敌军的杀戮下枉死，随后怒气冲冲的她杀死了敌军的千军万马），最后遇到了一个和尚叫做慧源（他其实是三外传中张烈的好朋友李靖的化身），以及在各种妖魔鬼怪，幻影的困难之下，追寻真理，最后战胜了撒旦。
三外传就是讲的隋朝之前陈国的小王子（陈靖仇），遵循师尊意愿复兴陈国的故事，以至于最后发现天之痕的秘密。途中遇到小雪（月河村的一个白发姑娘，是女娲石的转世），遇到拓拔族的张烈，和玉儿。在修补天之痕中所发生的爱恨情仇一系列故事情节，需要你在游戏中慢慢体会，当中你也一定会发现很多三与三外传之间微妙的关系（比如地图啊，物品啊，技能啊，人物啊之类的）
最后，汉之云我明天再给你讲，手工打字啊，望采纳，谢谢你尊重我的劳动成果
第22集
宇文拓拿到了轩辕剑，与杨素打拼起来，轩辕剑威力很大，不一会儿功夫就把杨素给杀了。陈靖仇晕倒在地上，他醒来发现剑痴已经变了，他们已经不是什么兄弟了，他不是剑痴，而是宇文拓。陈靖仇想不通为什么剑痴会变成了这样。靖仇这么相信剑痴，把他当着大哥对待，可是他把自己当作是傻瓜，出卖了友情。靖仇很伤心，原来剑痴想用崆峒印救出他 母亲。靖仇很气愤，可是打不过他。陈靖仇伤心很失望。
宇文拓的母亲为自己做了面条吃，宇文拓很感动，这么多年没有见到母亲，母亲这么多年来受尽了痛苦。宇文拓听了母亲说起了这些年的事，他要杀了皇帝，为宇文族报仇。
宇文拓始终想着复国，但是这么多年来这些都是他编造的谎言，当他向母亲说出这些时，原来母亲早就知道了。宇文拓本来要复仇的，可是做了隋朝的将军，这些年来他杀了很多 人，受到杨素的控制，这样才保住了母亲的命。宇文拓对自己这些年的恶行很自责，但身不由己，母亲是这世上唯一的亲人，他要保护母亲，将母亲救出来。宇文拓的母亲很早知道这事，但没有说穿这谎言，她不在乎什么复国，只在乎儿子的平安。
宇文拓去了朝廷找皇帝报仇，独孤宁珂对宇文拓动了情，被魔王发现，魔王对两千年前的天之痕很记恨，却发现自己的女儿对宇文拓动了情，差点毁掉了自己的大计。魔王想将所 有神器找到，然后一举毁灭他们。如果宇文拓杀了皇帝，那么他就不会帮独孤宁珂寻找五神器。
宇文拓找到皇帝，拿着轩辕剑要杀了他，说出自己的身份，这么多年来隐忍在隋朝，他要报仇复国。正当宇文拓要杀隋炀帝时，魔君将他救了。魔君要宇文拓帮他找到五神器，宇文拓不肯帮他做事，魔君只好用宇文拓的母亲和独孤宁珂威胁他，但宇文拓不屈从，宇文拓看见母亲和独孤宁珂在受苦，两个都是自己心爱的人，他不忍心看见她们受苦只好答应了魔君的交易。
第23集
宇文拓没有杀掉隋炀帝，选择救了独孤宁珂，独孤宁珂很感动，对宇文拓动了真情。小雪坐着话不说饭不吃，陈靖仇怎么劝她也没用，于是一时冲动发怒起来。小雪被陈靖仇骂了 一顿就哭着跑了，她被宇文拓欺骗，自己也欺骗了别人。陈靖仇四处找小雪，向她道歉，希望小雪不要离开自己，小雪很感动，最后还是出来见了靖仇。小雪发现靖仇的仙帕发光 ，靖仇认为这是去找仙山的好时候，于是和小雪乘上仙帕来到仙山。
陈靖仇看见古月，原来他们早就见过面，陈靖仇请求古月救救玉儿。可是古月想试探陈靖仇，什么话也不说，装着不认识他的样子。古月问陈靖仇为什么要救她陈靖仇说人命关天，古月对陈靖仇的回答很不满意，于是就走了。只有等到陈靖仇想到为什么要救她时，古月自然会救她。陈靖仇知道这是他们试探他的，于是他跪在雨里，想用真诚感动他们。 晚上，靖仇由于全身淋湿，感冒发烧了，靖仇昏迷过去了，在梦里他念着小雪和拖把。
下雪请然翁赐教怎么救玉儿，然翁说做几道小菜给古月，他很喜欢喝酒的。小雪来到野外抓鱼，她善良不忍心去抓它们，却叫鱼上网，果然有鱼进了小雪的渔网。小雪高兴的做了 几道菜，然翁吃后很失望，说这蔡怎么能让古月吃，他吃了会杀人的。正在这时，古月闻到蔡的香味来到这里，他吃了一口，突然感动的留下了泪水，她叫小雪尝试下自己做的菜 。他问小雪做菜的时候心里想的是什么，他感觉小雪和靖仇是一对，但又有个玉儿。小雪愿意牺牲自己救玉儿，古月认为小雪要是真的想救玉儿，那么就割自己的一块肉做菜让她 吃，小雪答应了，正要割肉时被古月拦住，他答应救玉儿。
古月给陈靖仇说他昏迷时，叫玉儿和小雪的名字都是105次，但是叫两个人的名字时的表情不同。在古月的指点下，陈靖仇和小雪上山摘蟠桃救玉儿。然翁和古月给靖仇和小雪介绍 了鹊桥这个地方，这里是情人约会的地方，很清静。陈靖仇和小雪一路来到鹊桥，感觉这里确实是个很清静的地方。
第24集
小雪心里很乱，她到底爱的是靖仇还是宇文拓，她很难选择。古月送给小雪两件东西让她选择，选择忘记陈靖仇还是宇文拓。陈靖仇在意境中遭受到打击，喝了酒不想前进。靖仇 对自己身无绝技而当大地皇者很难过，然翁告诉他这是上天决定的。为了让陈靖仇励志，给他说了古月的故事，他当年也是大地皇者。让翁激励陈靖仇，鼓励他要有自信，有勇气 。然翁告诉靖仇要想战胜别人只有先战胜自己，恐惧往往来自内心。在然翁的鼓励下，靖仇恢复了斗志。
陈靖仇振作起来，准备打败刑天。靖仇却发现小雪说着奇怪的话，不明白是什么意思。陈靖仇再次与刑天战斗，虽然打不过对方，但他始终没有放弃。
小雪握住玉儿的手，潜入玉儿的内心，看见了玉儿为靖仇所做的一切，小雪明白了靖仇身边永远还有玉儿，于是自己决定喝下那瓶忘记靖仇的药。
陈靖仇战胜重重困境，古月最后拿他没办法，只好让他过关。陈靖仇才明白刚发生的一切都是古月扮的。原来根本没有什么蟠桃，只要靖仇回答救玉儿的原因，就可以救玉儿。
游戏讲述一个人间（游戏中称“轩辕界”）少年陆承轩（上古神器“昊天塔”转世）因精神失控，杀死自己父母而被同族人驱赶，最后绝望想跳崖自尽，此时“皇甫暮云”（轩辕剑转世）用盘古斧打开轩辕界与“山海界”的通路，陆承轩坠入其中。此后三月，皇甫暮云教主角一些基本剑术，并以要事在身为由，暂时离开主角。游戏自此开始。因山海界天气逐渐炎热，毛民国民四处觅食，主角担心皇甫暮云被当作食物抓走，便恳求他先前救过的毛民“福”帮助，福出于感恩，替他带路，去毛民国牢房一探究竟。途中遇到同来营救朋友的“女子国”二国主“夏柔”（东皇钟转世）。牢房关押的就是夏柔即将被当作祭品的“青龙国”的“莫邪”。福因为帮助外人，被迫离开国家，跟随主角。莫邪认为主角身上有某种潜质，能与青龙国圣物“圣宇盘”发生感应，是“圣者要找的人”（之前夏柔也被认为如此），而要求主角一同去见圣者。途经“氐人国”，将想去青龙国寻找药材救妻子的“玄武国”寒洛收入队中。
一行人来到青龙国，圣者通过测验确定夏柔才是正确人选，并告诉众人，天气变热是因为“朱雀国”想统治山海界，要破除上古封印，放出神兽所导致。要众人去寻找可以再度封印神兽的二十八颗“星曜石”（按二十八星宿命名）。
途径玄武国，得知寒洛伯父勾结朱雀国，篡夺王位。实质是朱雀国企图将战线推进。寒洛随同主角赶往女子国，请求援兵。在与白虎国，氐人国的帮助下，朱雀国战败而逃。白虎国决定乘胜追击，众人来到战争前线。在得知了战争真相后，主角决定直接潜入朱雀国。在地下宫殿中，发现朱雀帝正在释放被封印的朱雀圣兽。在众人与朱雀帝斗的两败俱伤的时候，一名青衣女子（青魃）出现，带走了朱雀圣兽。原来，青龙圣者所说朱雀圣兽造成天象异常是错误的，实际是这名青衣女子想利用圣兽的力量解开自己的封印。
为了复仇，青魃在获得真身之后将青龙，白虎，朱雀，玄武四国全部毁灭，并扬言在毁灭山海界后还将继续毁灭轩辕界。主角在众人帮助下，来到山海界中央地带。打败青魃，并让青魃认识到自己的怨恨起于一场误解。最后青魃自愿接受封印。
原来逐鹿之战的时候，青魃深爱黄帝，为了帮助他战争蚩尤，她偷来了轩辕剑，并为之消耗了自己的力量，导致战争结束后，青魃的体热使一个地区干旱不断。黄帝为了整个轩辕界子民，用东皇钟创造了新天地，忍痛将青魃与战败的炎帝部落一同移进去。随后，青龙，白虎，朱雀，玄武也驱赶她，并将她封印，从此青魃误以为自己付出全部却得到这样下场，决心复仇。
而普通结局在众人进入朱雀国地下宫殿时开始，朱雀帝已经被皇甫暮云和青魃打到，青魃正要解开朱雀圣兽封印，众人前去阻拦。皇甫暮云出于保护青魃，企图武力阻止主角行动，却迟迟不能下手。此时青魃打到皇甫，放出圣兽与大家决斗。青魃战败身亡，皇甫为了报仇，邀约与主角单独决斗。最后同归于尽。
按照《轩辕剑三外传 天之痕》中一段对话的描写，‘剑’、‘塔’曾有一度失去力量，无法恢复人形的例子，固尚未玩出隐藏结局的玩家，认为才是正统，但在隐藏结局中，剑塔都曾失去力量，塔是剑所杀，之后借助钟剑的力量重生，随后剑为证明黄帝后悔的证据自毁，亦符合剑塔曾一度失去力量，固DOMO后来有言隐藏结局才是正统后续，唯一的迷团是盘古斧跟轩辕剑如何回去人间界。
按照《轩辕剑外传 汉之云》结局，夏柔送轩辕剑回去，若是一般结局，夏柔是不大可能送轩辕剑回去，因为不可能去体谅天女背后的故事，而产生的仇恨意念，但若是隐藏结局，又与古月圣的话相互抵触，故正统结局如何，实难定夺。
主角经历的山海界国家依次是：毛民国，氐人国，一目国，周饶国，青龙国，玄武国，女子国，白虎国，白民国，长臂国，厌火国，朱雀国，奇肱国。
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